Keberadaan Shindoka berawal pada tahun 1969 ketika Sensei Johannes Yoko membentuk perguruan karate dengan nama “Shin Indonesia Karate-Do” disingkat dengan nama SHINDOKA.
Pada saat itu Shindoka menganut sistem latihan karate tradisional kumite kontak langsung.
Selanjutnya perjalanan panjang sejarah Shindoka secara garis besar diuraikan sebagaimana uraian dibawah ini.
- Tahun 1975 anggota senior Shindoka diantaranya Sensei Masudi Tanu yang berlatih karate aliran Shitoryu di Shitoryu Karate Assocciation (SKA) Singapura, bersama dengan Sensei Antonius Lo yang berlatih karate di di Shitoryu Hongkong kembali ke Jakarta. Bersama sama dengan anggota senior Shindoka lainnya mulai mengadopsi dan mengembangkan perguruan karate SHINDOKA dengan menganut aliran Shitoryu Karate-Do. Sejak saat itu nama perguruan “Shin Indonesia Karate-Do” secara resmi berubah nama menjadi “Shitoryu Indonesia Karate-Do” / SHINDOKA.
- Tahun 1978, Shitoryu bergabung dan masuk menjadi anggota Asia Pacific Shitoryu Karatedo Federation (APSKF) dan Shindoka juga turut berpartisipasi pada kejuaraan karate pertama APSKF di Singapura.
- Tahun 1980, Shindoka menjadi tuan rumah kejuaraan karate kedua APSKF di Jakarta . Pada waktu yang bersamaan dilaksanakan kongres APSKF ke-2 dengan sukses menghasilkan peraturan-peraturan baru APSKF dan pada saat itu Ketua Umum SHINDOKA alm Sensei John Harapan Harahap terpilih sebagai presiden APSKF yang pertama.
- Tahun 1993, SHINDOKA mengikuti kejuaraan dunia karate Shitoryu yang pertama (the 1st Shitoryu Karatedo Federation /WSKF) di Tokyo Jepang.
Selain menjalankan kegiatan orhanisasi perguruan karate seperti melaksanakan ujian kenaikan tingkat, melaksanakan kejuaraan-kejuaraan karate dan mengikuti kompetisi-kompetisi kejuaraan karate nasional maupun internasional, Shindoka sebagai organisasi karate dan dengan komitmen ketua umumnya Sensei John Harapan Harahap, Sensei Faisal Arwien dan Sensei Iwan Setiawan, Shindoka telah ebrperan proaktif dan berkontribusi didalam pengembangan dan promosi karate di Indonesia, melalui peran strategis sebagai anggota dari FORKI serta masuk sebagai anggota dewan eksekutif FORKI baik di tingkat nasional maupun di tingkat provinsi (daerah).